La ubicación de la Sección de Alergología en el Hospital Abente y Lago data del año 1998 cuando se traslada el grueso de la actividad, tras la incorporación del antiguo Hospital Militar al SERGAS. Es donde se atiende a la mayor parte de los pacientes alérgicos, donde están funcionando cuatro agendas a la semana y donde se realizan la mayor parte de las exploraciones complementarias, salvo pruebas de riesgo. Consta de cuatro  despachos médicos, una sala de Pruebas Alérgicas, dos salas de Pruebas Funcionales Respiratorias y una sala de enfermería.​