A día de hoxe aínda se descoñece a causa que provoca a enfermidade. Varias teorías tentaron buscar unha explicación, a máis aceptada é a Teoría da implantación ou de Sampson segundo a cal, parte do tecido menstrual, no canto de fluír cara ao exterior como é habitual, migra polas trompas de Falopio e deposítase sobre os órganos pélvicos. Os estróxenos xogan un papel crucial neste proceso. Esta teoría é a que explica a gran maioría dos casos, xa que o 90% das mulleres presentan menstruación retrógrada.

A pesar de ser considerada unha enfermidade fundamentalmente hormonal, existen factores xenéticos, inmunológicos e ambientais que fan que unhas mulleres sexan máis susceptibles que outras para padecer endometriose.